Wenn man einen <base href=“…“> Tag angegeben hat, dann funktionieren Ankerlinks innerhalb der selben Seite nicht mehr.
So kann man mit jQuery einen Workaround einbauen:
$('a[href^="\#"]').click(function(e) {
e.preventDefault();
document.location.hash = this.href.substr(this.href.indexOf('#')+1);
})
Quelle: www.ninthavenue.com.au/blog/using-base-href-with-anchors